Климат Японии четко разделяется на четыре времени года, каждое из которых полно собственного очарования. Наилучший сезон для туризма - весна и осень.
На севере Японии климат умеренный, а на юге - субтропический и тропический муссонный. Лето достаточно жаркое по всей стране - от +30°С на севере до +38°С на юге. Летом выпадает максимальное количество осадков - от 700 мм. на севере, до 1.200 - на юге, при этом влажность воздуха очень высока, часты тайфуны. Средняя температура зимой достаточно низкая - от -15°С на Хоккайдо, до -5°С на о. Хонсю и до +16°С на архипелаге Рюкю. При этом выпадает достаточно большое для столь южных широт количество снега.
Осадков на большей части страны выпадает 1.700-2.000 мм. в год, на юге страны - до 4.000 мм. Лучшее время для посещения островов - весна (время цветения сакуры) и осенью (октябрь-ноябрь). В это время температура обычно не опускается ниже 17-20°С, а влажность воздуха несколько ниже (хотя весной часты холодные ветра с материка, а осенью - тайфуны).